แม้ว่าการใช้แอคชูเอเตอร์ไฟฟ้าพลังงานไฮโดรเจนจะมีข้อดีมากมาย แต่ก็ยังคงมีความท้าทายบางประการที่ต้องเผชิญในการพัฒนาและนำไปใช้ในอุตสาหกรรมจริง ในปัจจุบันการผลิตพลังงานไฮโดรเจนยังคงมีต้นทุนที่สูงเมื่อเทียบกับแหล่งพลังงานอื่นๆ ซึ่งทำให้การผลิตและการใช้พลังงานไฮโดรเจนในแอคชูเอเตอร์ไฟฟ้าราคายังคงสูงอยู่

    นอกจากนี้ การจัดหาทางเลือกในการจัดเก็บไฮโดรเจนที่มีประสิทธิภาพและปลอดภัยก็เป็นเรื่องที่ต้องพัฒนาอย่างต่อเนื่อง เพราะการจัดเก็บไฮโดรเจนในรูปแบบก๊าซมีความท้าทายในการเก็บรักษาให้ปลอดภัย และสามารถใช้งานได้ในระยะยาว นอกจากนี้ ยังต้องพิจารณาเรื่องโครงสร้างพื้นฐานที่จำเป็นสำหรับการขนส่งและกระจายพลังงานไฮโดรเจนไปยังพื้นที่ต่างๆ ซึ่งอาจมีค่าใช้จ่ายสูงในระยะเริ่มต้น

    อีกหนึ่งประเด็นที่ต้องระวังคือ การพัฒนาระบบแอคชูเอเตอร์ไฟฟ้าที่ใช้ไฮโดรเจนในลักษณะของระบบที่มีขนาดเล็กและสามารถใช้งานได้ในหลากหลายแอพพลิเคชั่น เช่น อุตสาหกรรมการขนส่งทางอากาศ หรือการผลิตในสถานที่ที่จำเป็นต้องใช้พลังงานสะอาดและมีการควบคุมที่สูงสุด ซึ่งยังคงต้องใช้เวลาในการวิจัยและพัฒนาให้เทคโนโลยีเหล่านี้มีความพร้อมในการใช้งานจริง